开航初期，深穗“水上巴士”每天往返各3班，共6个班次。其中，深圳机场码头至广州南沙客运港开行时间分别为10：10、13：30、17：35，广州南沙客运港至深圳机场码头开行时间分别为09：00、11：50、16：30，船班时刻覆盖早、中、晚各时段，可满足旅客全天出行需求。
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