科兴站位于南山区核心繁华区域，是13号线与规划的21号线换乘站。车站长约286．6m，标准宽度约30．9m，三柱四跨，地下二层（局部三层结构），采用半盖挖施工。

自2017年12月底进场以来，因科苑路地下空间开发与地铁同步建设施工，导致科兴站施工方案出现大幅调整，前期施工图和主体围护结构图出图时间分别滞后10个月和12个月，直到2020年4月底，围护结构施工方案才最终稳定，给原本紧张的工期带来更大的履约压力。